除草剂药害产生的原因，错综复杂和多种多样，既有环境方面的因素和使用方面的因素引起的，也有除草剂本身的因素造成的，概括起来主要有如下几种：
一、雾滴直接飘移与挥发飘移
喷施除草剂时，或多或少都有飘移的问题。尤其应用一些蒸气压较高（>0.133322帕）、挥发性较强的品种，如2，4-滴丁酯、2甲4氯钠、麦草畏（百草敌）、氟乐灵、禾草敌（禾大壮）、异恶草松（广灭灵）等，在喷施过程中，由于形成的雾滴过小（<100微米）、温度过高（>28℃）、空气相对湿度过小（<65％）、风力过大（>3级）、光照过强，喷头位置距地面或叶面过高（机引式、背负式喷雾器的喷头高于60厘米）、液泵压力过大等，均易造成雾滴挥发与飘移，因此，往往会使邻近被污染的敏感作物及树木等遭受不同程度的危害。其中，以2，4-滴丁酯最为严重与突出，在地面喷施，其雾滴有时能飘移到1000-2000米的距离；应用氟乐灵、禾草敌等一些除草剂，在地面喷施，其雾滴有时也能飘移到500米以上的距离。在各地长期应用2，4-滴酯的历程中，因雾滴飘移曾多次发生过程度不同的药害事故。
二、应用一些对敏感作物危害性较大的品种，如精吡氟禾草灵（精稳杀得）、高效氟吡甲禾灵（高效盖草能）、精喹禾灵（精禾草克）、烯禾定（拿捕净）、砜嘧磺隆、烟嘧磺隆（玉农乐）、米唑乙烟酸（普施特）、三氟羧草醚（杂草焚）、乳氟禾草灵（克阔乐）、溴苯腈（伴地农）、氯氟吡氧乙酸（使它隆）、二氯喹啉酸（快杀稗）等，或应用灭生性除草剂草甘膦（农达）、百草枯（克芜踪）等，虽然没有雾滴挥发的问题，但由于在喷洒过程中控制安全用药的措施不严，也会对邻近的敏感作物造成飘移危害。
三、药滴沾染与雨点溅染
应用除草剂之中一些选择性稍差的品种，如在大豆田应用三氟羧草醚（杂草焚）、乳氟禾草灵（克阔乐）、氟磺胺草醚（虎威）或在玉米田应用溴苯腈（伴地农）做茎叶处理，由于气象备件不良及作物长势较弱，有时会使大豆或玉米沾着药滴的叶片局部产生灼斑。再如，在大豆田应用丙炔氟草胺（速收）等做土壤处理，而未耙入浅土层中，若在苗后遇到大雨，则分布在地表的药剂会被雨冲击而溅到大豆底部的叶片上造成药害。
另外，在玉米田应用灭生性除草剂百草枯（克芜踪），在稻田埂上应用草甘膦等，由于防护措施不严，常有少量雾滴落到玉米下部的叶片上或稻田边缘的稻叶上，造成一些局部的药害。
四、排灌用水、地表径流及药械、包装物污染
在农田或非耕地（铁路、公路、库院、货场等），使用某些水溶性较强、持效期较长的选择性、灭生性除草剂，随着降雨形成的地表径流淌入敏感作物的田中，或随着排水带入灌渠，有时会直接或间接导致作物受害。例如，最近几年在辽宁境内铁路的路基上使用甲嘧磺隆（森草净）除草，因降大雨而使甲嘧磺隆随着雨水流进铁路沿线两边的农田，造成了数起药害事故。
喷洒苯氧羧酸类、苯甲酸类、磺酰脲类等一些除草剂之后，如喷过2，4-滴丁酯、麦草畏、氯嘧磺隆，未将喷雾器械清洗干净再去喷洒其他农药或肥料，则很易引起敏感作物受害。
对用过的除草剂包装物及残余药液处理不当，亦会造成药害。在最近几年，曾发生过多起在水渠、河流或积水坑中清洗盛装甲嘧磺隆的塑料桶及清洗配制、喷洒甲嘧磺隆的用具，或往这些水中倾倒剩余的甲嘧磺隆药液而污染灌溉水的事故，致使水稻等一些作物成片死亡。
五、土壤残留
应用三氯苯类、磺酰脲类、咪唑啉酮类、二苯醚类及其他杂环类除草剂之中的一些在土壤里残留时间较为持久的除草剂品种，若与作物轮作体系协调不当，往往会对后茬敏感作物造成危害。例如，麦田应用绿麦隆、氯磺隆，造成后茬水稻或玉米、棉花受害的事故，在一些常用的地区几乎每年都有发生。
当前常用的有残留影响的除草剂，有以下几种。
1.莠去津（阿特拉津）
这种除草剂 ，尤其在中性、碱性土壤中降解较慢。
每公顷用有效成分2000克，即用38％制剂5260毫升;第2年除了玉米、高粱之外，种植任何其他作物都不安全。若将其用量减半配成混剂应用，第3年取其表土培育水稻、甜菜和各种蔬菜秧苗亦不安全。
2.嗪草酮（赛克）
据美国资料报道，每公顷用有效成分420～1120克，即用70％制剂600～1600克，18个月内种植甜菜、洋葱和其他块根作物不安全；8个月内种植大麦、水稻、棉花、豌豆不安全；4个月内种植芦笋、玉米、小麦、禾本科牧草、马铃薯、番茄、苜蓿、大豆等不安全。
在我国黑龙江的大部分地区，推荐每公顷用有效成分210-420克，即用70％制剂300～600克，对后茬作物无害，但在气候干旱、土壤有机质含量小于2％、土壤PH大于7.5的地区若用高剂量，可能会使第2年种植的甜菜受害。
3.氯嘧磺隆（豆磺隆）
这种除草剂，在中性碱性土壤中降解较慢。
每公顷用有效成分15克，即用20％制剂75克，第4年种植甜菜、十字花科作物、茄科作物、伞形科作物、亚麻、瓜类不安全；第2年种植高粱、水稻不安全；若每公顷用有效成分7.55克，即用20％制剂37.5克，第2年种植上述作物亦不安全。
4.氯磺隆、甲磺隆（现在用量小）
对这两种除草剂表现敏感的有甜菜等多种后茬作物。每公顷用氯磺隆有效成分10-15克，即用10％制剂100-150克，第3年种植甜菜不安全；第2年种植白菜、向日葵、茄科作物、亚麻、瓜类不安全。每公顷用甲磺隆有效成分7.5克，即用10％制剂75克，第2年对各种作物的安全性，基本与氯磺隆相同。
5.唑嘧磺草胺（阔草清）
这种除草剂，尤其在酸性土壤中降解较慢。
表现敏感的有甜菜、油菜、亚麻、棉花等后茬作物。每公顷用有效成分48-60克，即用80％制剂60-75克，第3年种植甜菜、油菜、亚麻、棉花不安全；第2年种植向日葵、马铃薯、高粱等不安全。
6.咪唑乙烟酸（普施特）
这种除草剂，在酸性土壤中降解较慢。
在我国黑龙江的西部、北部，每公顷用有效成分75-90克或90克以上，即用5％制剂1500-1800毫升或1800毫升以上，第5年种植甜菜、亚麻不安全；第4年种植十字花科作物、茄科作物、瓜类及葱不安全；第3年种植高粱不安全；第2年种植玉米、水稻、向日葵、棉花等不安全。在其东部和南部，种植上述各种敏感后茬作物的安全期，可相应缩短1年的时间。
7. 氟磺胺草醚（虎威）（正常用量无影响）
在我国东北地区，每公顷用有效成分375克，即用25％制剂1500亳升，对翻地播种的后茬甜菜、白菜、油菜、洋葱、亚麻、向日葵、高粱、谷子等生长有影响；每公顷用有效成分250克，即用25％制剂1000毫升，对耙茬播种的后茬甜菜、白菜、油菜等生长有影响。
8.异恶草松（广灭灵）（无影响）
在我国黑龙江等地，推荐每公顷用有效成分480克，即用48％制剂1000毫升与其它药剂混用，对后茬任何作物都没有影响。仅发现在喷药重复的局部，对后茬小麦有轻微抑制，但不影响小麦的生长和最终的产量。
9 二氯喹啉酸(水田)
在我国北方地区，表现最敏感的有茄科和伞形科后茬作物。每公顷用有效成分300-400克，即用50％制剂600-800克，第3年种植番茄、胡萝卜不安全；第2年种植茄子、烟草不安全。除了残留药害，采用施过二氯喹啉酸的稻田水去浇灌茄科和伞形科等敏感作物，亦会造成一定的药害。
六、除草剂选择性不强
用于茎叶处理的触杀型除草剂，如乳氟禾草灵（克阔乐）、三氟羧草醚（杂草焚）、氟磺胺草醚（虎威）对大豆的选择性（即安全性），溴苯腈（伴地农）对玉米的选择性，都不很强，施用之后，难免会使适用作物产生一些暂时性药害。这些除草剂虽然有药害，但因其药效较为突出而幸然接受作为重要的除草剂品种之一。
七、还有一些除草剂，如氟烯草酸（利收）、砜嘧磺隆（宝成）、丙炔恶草酮（稻思达）、异恶唑草酮（百农思）等的安全用量幅度很小，对环境条件要求较严，因此，在应用时稍有用量不准、施用不均或环境条件不适，便易产生药害。
八、除草剂降解产生毒物
由除草剂降解产生有毒物质引起的药害，则称为次生药害。已发现在降解的过程中能产生有毒物质的除草剂有禾草丹（杀草丹）等。在稻田施用未腐熟的稻草或未腐熟的有机肥，致使淹在水下的土壤形成通气不良的嫌气性状态，若将禾草丹施于这样的稻田里，则会降解成为一种抑制水稻生长的脱氯禾草丹，引起矮化、变形和变色，表现出与黄化病毒病相似的症状。据有关资料报道，脱氯禾草丹比未脱氯禾草丹抑制水稻种子发芽和幼苗生长的作用，分别增大16倍和28倍。
九、有关环境条件不良或变化异常
应用各种有机选择性除草剂，或轻或重都要受到有关环境的影响。在施用当时和施后，若遇到天气变化异常、土壤条件不良等，往往会导致或加重对适用作物的危害。其中某些易受温度、湿度影响的除草剂，施于低洼冷凉、土壤过湿的地块，或在施后遇到低温、多雨、寡照、高温、干旱、大风等，常使作物的幼芽、幼苗遭受不同程度的抑制与危害。
例如，在水稻移植田施用丁草胺、莎草磷（阿罗津）、恶草酮（农思它）、丙炔恶草酮（稻思达）、环庚草醚（艾割）等酰胺类、有机磷类及一部分其他杂环类除草剂，遇到低温时；施用扑草净、西草净等三氮苯类除草剂，遇到高温时，均对水稻不安全。在水稻保温旱育苗秧田，应用丁草胺或丁?扑混剂，除了温度过高或过低，若苗床的土壤湿度过大，也很易引起稻芽、稻苗受害。
再如，在大豆、玉米播前或播后苗前，分别用氟乐灵、乙草胺、唑嘧磺草胺（阔草清）等二硝基苯胺类、酰胺类、三唑嘧啶磺酰胺类除草剂，施于低洼冷凉的地块及遇到低温多雨的天气；在大豆1片复叶后施用氯嘧磺隆（豆磺隆）等磺酰胺脲类除草剂，或3-4片复叶期施用咪唑乙烟酸（普施特）等咪唑啉酮类除草剂，遇到低温多雨的天气；在玉米苗后施用嗪草酮（赛克）、氰草津（百得斯）或扑草净等三氮苯类除草剂，遇到多雨或高温的天气；在大豆、玉米苗后，分别施用三氟羧草醚（杂草焚）、乳氟禾草灵（克阔乐）、氟磺胺草醚（虎威）、氟烯草酸（利收）、溴苯腈（伴地农）、灭草松（排草丹）等二苯醚类、苯基酞酰亚胺类、苯腈类及一部分其他杂环类除草剂，遇到高温干旱的天气，均会对大豆、玉米造成危害。
又如，在小麦播后苗前施用绿麦隆等苯基脲类除草剂，遇到寒流时；或于苗后施用燕麦枯（野燕枯）等一部分其他杂环类除草剂，遇到高温干旱天气，也会对小麦造成危害。
还有，某些受土壤有机质含量、质地或酸碱度影响的除草剂，用在土壤有机质含量较低，沙型土质或PH值较高的农田，亦会使作物遭受一定的抑制与危害。例如，在土壤有机质含量小于2％或沙质土、碱性土上应用水溶性较强的嗪草酮（赛克）及其混剂等，均会引起适用作物受害。
十、药械性能不良或作业不标准
使用机引式多喷头喷雾器，由于各个喷嘴的流量不一致，喷幅的联接带重叠过度及喷嘴后滴等，或采用非扇形喷头，皆能造成喷施药液不均，致使局部地面、叶面着药量过多而造成作物受害。
使用背负式单喷头、双喷头喷雾器，步行速度不一，把持喷头位置不准，左右摆动不定、喷嘴方向不正，给液泵加压不均等，更易使局部地面、叶面着药过量面铸成药害。
十一、施用时期不当
大多数选择性除草剂，对作物都有一定的安全施用期，若提前或拖后施用，便易引起作物受害。例如，在小麦田应用2，4-滴丁酯或麦草畏（百草敌），于小麦3叶期前或拔节期后施用，则会造成一定的药害。
在玉米田应用2，4-滴丁酯，于苗后做茎叶处理比播后苗前做土壤处理易产生药害；于4叶期前或5叶期后喷施，则会造成严重药害。在玉米田应用砜嘧磺隆（宝成），于4叶后喷施；应用嗪草酮、噻吩磺隆（宝收），于5叶期后喷施，亦易造成药害。在玉米、大豆等作物田，应用某些需要于播后尽早施用的土壤处理剂，如在大豆田应用唑嘧磺草胺（阔草清）、丙炔氟草胺（速收）而延误至大豆拱土时才去喷施，常会产生药害。在大豆田应用氟乐灵做播前混土处理，于施药后立即播种，则会使大豆根系受害，并抑制幼苗生长。在大豆田应用氯嘧磺隆（豆磺隆），于大豆拱土至1片复叶展开前喷施；应用噻吩磺隆（宝收），咪唑乙烟酸（普施特），于大豆3片复叶期后喷施，均不安全。
此外，在各种作物苗前应用灭生性除草剂百草枯（克芜踪），若于作物拱土、钻锥时喷施，则会使作物幼苗的顶端失绿变黄。
十二、用药过量
所有选择性除草剂，对作物如同有一定安全施用期一样，也都有一定的安全用量幅度。尤其苯氧羧酸类、苯甲酸类等激素型除草剂和二苯醚类、苯腈类、苯基酞亚胺类、恶二唑类等触杀型除草剂之中的一些安全用量幅度较小的品种，以及各类除草剂之中的一些残留较大的品种，还有磺酰脲类、三唑嘧啶磺胺类、咪唑啉酮类等生物活性极高、用量很少（几克/亩）的一些除草剂之中的安全性稍差的品种，若施用过量，很易造成药害。
然而，有些农民为了获得高效，用药“宁多勿少”，往往应用活性较高、用量较少、用量限度较严的除草剂，由于过量而引起许多药害事故。例如，在水稻田，有些人应用除草剂，在开始的头几年还比较谨慎，用过几年之后觉得有了经验，就放心大胆地随意提高用量，以应用60％丁草胺为例，在北方地区推荐的公顷用量为1500-2250毫升，而当前则普遍用到2250-3000毫升，甚至将其用到3000毫升以上，因此，造成水稻减产似乎屡见不鲜。
再如，当前玉米田应用面积最大的除草剂品种是乙·莠混剂或乙草胺+莠去津。但用药时期正值干旱，往往达不到预期的除草效果，针对这种现实或为了能有效地数量较多、密度较大、危害较重的稗草和比较难防的鸭跖草，则常有人将50％乙草胺的公顷用量提高到3750毫升，将38％莠去津的公顷用量提高到4500毫升，甚至更多，这样一来，即对所种玉米潜在着发生药害的危险，也为实施合理轮作倒茬形成了障碍。还有，玉米田施用72％2，4-滴丁酯乳油，做茎叶处理用量的最高限度为每公顷750毫升，做土壤处理用量的最高限度为每公顷1125毫升，但有人将其分别用到了1125毫升和1500毫升，因此，曾不止一次地发生过药害事故。
十三、选用除草剂种类或混用、连用配伍不当
关于选用除草剂种类不当，例如，水稻在2叶期前对二氯喹啉酸相当敏感，为了保证安全，不应提倡把它用于插小苗的水稻育苗秧田。但在近几年，有些地方已轻易地把它作为一种秧田除草剂去用，结果导致药害问题屡有发生。再如，丁·扑混剂，作为一种水稻秧田除草剂应用，需要慎重。如前所述，应用丁草胺遇到低温时，易使稻芽、稻苗受害；应用扑草净遇到高温时（>28℃），易使稻芽、稻苗受害。而我们当前普遍采用塑料拱棚保温育苗，苗床温度日升夜降，升降的最高、最低值双项超出丁·扑混剂安全使用的温度范围，因此，在这样的苗床上使用丁·扑混剂比使用其单剂的安全性更差。
关于混用、连用配伍不当，例如，水稻体内有一种芳基酰酶对敌稗的水解起重要作用，而2，4-滴及有机磷类、氨基甲酸酯类杀虫剂能严重干扰与抑制芳基酰胺酶的活性。若为了扩大杀草谱或兼治潜叶蝇等苗期害虫，将敌稗与2，4-滴或有机磷类、氨基甲酸酯类杀虫剂混用，则会影响其水解酶对敌稗的解毒而使水稻受害。
在大豆田防除杂草及兼治虫害，若将灭草松与喹禾灵等除草剂或氨基甲酸酯类杀虫剂混用，易使大豆遭受灭草松危害。在大豆田防除阔叶杂草的同时还要防除禾本科杂草，若将三氟羧草醚（杂草焚）、乳氟禾草灵（克阔乐）与烯禾啶（拿扑净）混用，会加重三氟羧草醚、乳氟禾草灵对大豆的危害。
在施用某种除草剂之后或之前，相继施用对其安全性有影响的其他除草剂、杀虫剂、杀菌剂等，往往也会引起作物受害。例如，在玉米田施用砜嘧磺隆（宝成）后，紧接着施用有机磷类杀虫剂；在大豆田施用灭草松之后，紧接着施用有机磷类、氨基甲酸酯类杀虫剂；在大豆田施用灭草敌之后，又施用扑草净；在大豆田及其他作物田应用了磺酰脲类或其他类长残留除草剂之后，第2年又接着应用同一类的除草剂；在大豆田施用有机磷类、氨基甲酸酯类杀虫剂之后，再施用氟乐灵等二硝基苯胺类除草剂；在大豆田播种以有机磷杀虫剂处理过的种子，再于播后苗前喷施嗪草酮；在棉花田播种以有机磷杀虫剂处理过的种子，再于播后苗前喷施敌草隆等苯基脲类除草剂；在番茄等茄科作物田施用嗪草酮之后，紧接着施用马拉硫磷杀虫剂处理过的种子，再于播后苗前喷施敌草隆等苯基脲类除草剂；在番茄等茄科作物田施用嗪草酮之后，紧接着施用马拉硫或西维因；在水稻田施用敌稗之后，着施用2，4-滴或有机磷类、氨基甲酸酯类杀虫剂，均易使其作物遭受连用除草剂的危害。
十四、误导与误用、应用了不宜应用的除草剂品种
在某些地区、某种土壤类型、某些作物种类或品种以及某个栽培方式上，应用了不宜应用的某种除草剂。例如，1996年和1997年地东北地区的水稻移植田，推广只适于南方使用的苯·异甲混剂，曾发生除草剂药害 。
七不打药
1、刮风下雨不打药
2、正当中午不打药
3、露水不干不打药
4、不看说明不打药
5、不刷药罐不打药
6、不加奈安不打药
7、不留对照不打药
